تتلخص إجراءات الاعتماد للبرامج التعليمية في ثلاث مراحل متتالية ومتتابعة هي:

المرحلة الأولى: قبول الطلب
 تقبل طلبات الاعتماد من المؤسسات التعليمية المرخصة سنويا في فترتين: الأولى تبدأ من 1 آيار وحتى 30 حزيران، والثانية تبدأ من 1 تشرين الثاني وحتى 31 كانون أول.
– يسلم الملف إلكترونيا وورقيا على أن يكون باللغة الإنجليزية لبرامج الدرسات العليا ولبرامج البكالوريوس في التخصصات العلمية إضافة إلى نسخة باللغة العربية لجميع البرامج.
– يتم التأكد من استيفاء الملف لجميع المتطلبات والشروط، بما فيها دفع الرسوم المقررة حسب النظام المالي لعام 2008.

المرحلة الثانية: تقييم الملف 
يتم اختيار مقيمين من الأكاديميين والمهنيين ذوي الخبرة والاختصاص، بما في ذلك تحديد الزيارة الميدانية حيثما يلزم.يرسل التقييم الأولي إلى المؤسسة لدراسته وإجراء التعديلات اللازمة.  ترسل تعديلات المؤسسة إلى المقييمن للتقييم النهائي للملف.

لمرحلة الثالثة: اتخاذ القرار
يرفع الملف كاملا بعد انتهاء عملية التقييم النهائي إلى مجلس الهيئة لاتخاذ القرار المناسب باعتماد البرنامج أو تأجيله إلى حين توفير شروط محددة أو رفضه بشكل نهائي. يحق للمؤسسة مقدمة الطلب الاستئناف على قرار المجلس حسب نظام الاستئناف المعمول به في الهيئة.