تتلخص إجراءات الترخيص لمؤسسات تعليمية جديدة في ثلاث مراحل متتالية ومتتابعة هي:

المرحلة الأولى: قبول الطلب
تقبل طلبات الترخيص المبدئي سنويا في فترتين: الأولى تبدأ من 1 آيار وحتى 30 حزيران، والثانية تبدأ من 1 تشرين الثاني وحتى 31 كانون أول، على أن تكون الجهة المتقدمة بطلب الترخيص قد أتمت إجراءات التسجيل كمؤسسة عامة أو خاصة لدى الجهات الحكومية ذات الاختصاص.
يعرض الملف على مجلس التعليم العالي من قبل وزير التعليم العالي للحصول على موافقة مبدئية بناء على السياسات العامة للتعليم العالي، وفي حال الرفض يغلق الملف.
في حال الموافقة الأولية يتم التأكد من استيفاء الملف لجميع المتطلبات والشروط، بما فيها دفع الرسوم المقررة حسب النظام المالي لعام 2008.

المرحلة الثانية: تقييم الملف
يتم اختيار مقيمين من الأكاديميين والمهنيين ذوي الخبرة والاختصاص، بما في ذلك تحديد الزيارة الميدانية حيثما يلزم.
يرسل التقييم الأولي إلى الجهة المتقدمة بالطلب لدراسته وإجراء التعديلات اللازمة.
ترسل تعديلات الجهة المتقدمة بالطلب إلى المقييمن للتقييم النهائي للملف.

المرحلة الثالثة: اتخاذ القرار

  • يرفع الملف كاملا بعد انتهاء عملية التقييم النهائي إلى مجلس الهيئة لاتخاذ القرار المناسب.
  • في حال موافقة المجلس على الترخيص المبدئي يتم التوقيع على مذكرة تفاهم بين الهيئة والجهة المتقدمة بالطلب توضح المتطلبات التي يجب استيفاؤها من قبل الجهة المتقدمة بالطلب وبسقف زمني لا يزيد عن ثلاث سنوات، وإلا يصبح الترخيص المبدئي لاغيا.
  • يمنح الترخيص عند استيفاء الجهة المتقدمة بالطلب للشروط الموضحة في مذكرة التفاهم، وبشرط تقدم هذه الجهة بطلب اعتماد لبرنامج تعليمي واحد كحد أدنى.
  • في حال رفض المجلس لطلب الترخيص المبدئي يحق للجهة المتقدمة بالطلب الاستئناف على قرار المجلس حسب نظام الاستئناف المعمول به في الهيئة.